La història de la Fundació té les seves arrels en el primer terç del segle XX. L’11 d’agost de 1923, es va constituir el “Patronato del Colegio de Primera Enseñanza San Luis Gonzaga” a partir de la donació d’un terreny edificable per part de la Sra. Susana Suaña i Soldevila. En aquest terreny, s’hi havien de construir uns locals on els infants poguessin rebre ensenyament, el més complet possible, i una educació moral i religiosa basada en els principis cristians.

Al llarg dels anys, diferents titularitats, tant religioses com laiques, es van fer càrrec de la gestió de l’escola. Fins arribar a l’1 de desembre de 1989, data en la qual es va crear la Fundació Privada Escola Sant Lluís Gonçaga amb els compromís de mantenir la finalitat docent i patrimonial del primer Patronat.

Més endavant, el 19 de juliol de 2001, el Patronat cedeix la titularitat del centre a la Fundació d’Escoles Parroquials de l’Arquebisbat de Barcelona (FEP), fruit d’un procés iniciat al juliol de 1994 i coincidint amb l’entrada en vigor de la LOGSE.

Els patrons que conformen el Patronat són persones que tenen o han tingut relació directa amb l’escola ja que la majoria són pares i mares i/o antics alumnes. El President del Patronat és el Rector de la Parròquia de Sant Esteve de La Garriga.